Takie zwierzęta jak: małpy, tapiry, jaguary, które są charakterystyczne dla Ameryki Środkowej i Południowej posiadają również swoje siedliska w wilgotnych lasach południowego Meksyku. Ponadto południowa część kraju ze względu na niewielką gęstość zaludnienia pozostaje ostoją dla wielu rzadkich odmian zwierząt.
Środkowy i północny Meksyk ze względu na silne oddziaływanie człowieka na środowisko utracił swoją pierwotną różnorodność biologiczną. Jednakże można tu spotkać głównie w parkach i rezerwatach m.in. niedźwiedzie, jelenie, pumy czy kojoty. W zimie do Sierra Madre Occidental przybywają liczne grupy kaczek i gęsi.
Na pustynnych i półpustynnych częściach Meksyku występują króliki, węże i pancerniki. Mimo podejmowanych przez obrońców środowiska prób w 2004 r. zagrożonych wyginięciem było 57 gatunków ptaków, 72 gatunki ssaków, gatunków gadów i 106 gatunków ryb.